Saint Blaise, deuxième patron de Hégenheim
De 1500 à 1692 c'est la famille de Baerenfels qui administra Hégenheim. Elle eut aussi à faire face à de grands malheurs, surtout pendant la guerre de Trente Ans qui bouleversa les états allemands et les grands pays d'Europe de 1618 à 1648. Au printemps de l'année 1634 les habitants de Hégenheim s'enfuirent vers la Suisse pour échapper à la cruauté des Suédois, alliés de Richelieu, ministre du roi de France Louis XIII. Ils ne revinrent qu'en octobre dans le village qui avait été ravagé. La famine était générale, car les envahisseurs avaient tout emporté. De plus, une nouvelle épidémie de peste se déclara et fit de nombreuses victimes. La population du village diminua de 157 personnes qui avaient péri de fatigue, de famine ou de la peste. A la fin de la guerre de Trente Ans, en 1648, l'Alsace fut rattachée au Royaume de France.

Abandon de l'ancienne église
A la fin du XVIII ème siècle, l'église paroissiale située au milieu du cimetière et datant d'au moins cinq siècles, était très délabrée et menaçait ruine. Une dernière réparation fut effectuée en 1771 par le maçon Joseph Simon Kessler de Buschwiller, à savoir la rénovation du choeur de l'église. Toutefois cette réparation ne parvint pas à consolider suffisamment le bâtiment qui continua à se dégrader. La commune qui aurait préféré que l'église soit située au coeur même du village, et non à l'extérieur, présenta un rapport sur la vétusté de l'édifice à l'évêque de Bâle. Celui-ci, favorable à la construction d'une nouvelle église plus spacieuse et plus accueillante, interdit d'y célébrer tout culte public en août 1774.

A partir de cette date le culte fut célébré dans la grange de Jean Ulrich Greder pour un loyer annuel de 50 livres, de 1775 à 1782. Cette grange restaurée avec art par la famille Antoine Morgen porte la date de 1522, la plus ancienne du village. La poutre, très bien restaurée, surmontée d'une croix, est visible de nos jours.